2009-10赛季，米利托在各项赛事中打入30球。 球迷们谈论最多的就是他用4个决定性的进球为国米锁定了3个冠军头衔。
意大利杯：国际米兰1-0罗马
2010年5月5日，意大利杯决赛中，米利托上半场独骑过栅，打进全场唯一进球，帮助国际米兰1-0战胜罗马，夺得赛季首个冠军。
意甲联赛：国际米兰1-0锡耶纳
意大利杯决赛结束11天后，联赛最后一轮，国际米兰客场对阵锡耶纳。 又是米利托。 下半场他接到萨内蒂助攻破门，帮助蓝黑军团1-0获胜，从而锁定联赛冠军。 。
欧冠决赛：国际米兰2-0拜仁慕尼黑
5月22日，国际米兰与拜仁慕尼黑在马德里伯纳乌球场相遇，欧冠决赛即将打响。 比赛中，国米将战术展现得淋漓尽致。 第35分钟，门将塞萨尔长传。 米利托充分发挥支点作用，将球头球给斯内德，斯内德助攻米利托率先进球。
第二个进球充分展现了米利托的能力。 他在禁区边缘越过了范比滕，射门远角，将比分锁定为2-0。 凭借他的两个进球，国际米兰45年来首次夺得冠军。 再次捧起欧冠奖杯。
三场比赛的四个进球直接决定了三个冠军的归属。 这是米利托在2009-10赛季的最佳表现。 然而，尽管表现出色，他却没有得到国家队主帅马拉多纳的重视。 同年南非世界杯，他只替补打了2场比赛，在关键的淘汰赛中坐在替补席上，将这样一位大牌球员抛在了身后。 场上球员缺席比赛，马拉多纳的用人受到质疑。
在效力国际米兰的5个赛季中，米利托出场171次，打进75球。 用穆里尼奥的话说：“我们欧洲球队教练都是盲目的，竟然允许这么好的球员远离豪门俱乐部这么多年。” 米利托终于等到了在豪门俱乐部证明自己的机会。